Homeros destanlarının başlıca konusu olan kentin diğer adı Ilion'dur.
Hitit belgelerinde kentin adı olasılıkla Wilusa, Wilusija ya da Taruisa olarak geçmektedir.
Dokuz ana tabaka içeren höyüğün ilk yedi tabakası (I-VII) Tunç Çağı'na, son iki tabakası ise (VIII-IX) Yunan ve Roma dönemlerine aittir.
Homeros'un İlyada Destanı'nda anlatılan ve Akhalar ile Troialılar arasında geçen Troia Savaşı olasılıkla kentin dokuz tabakasından, güçlü surlarıyla dikkat çeken altıncısında geçmiştir.
Savaş sonrasında bir süre Akhaların elinde kalan kent, MÖ 1200 yıllarından başlayarak Thrak boylarının dalgalar halindeki göçüne maruz kalmış ve giderek ıssızlaşmıştır.
MÖ 8. yy'ın sonları ya da 7. yy'ın başlarında Aioller tarafından kolonize edilmiştir.
Bu dönemlerde Skamandros ve Simoeis çaylarının taşıdığı alüvyonlar nedeniyle kıyıdan içeride kalmıştır.
MÖ 6. yy'ın ortalarında Pers egemenliği döneminde bir köy durumunda olan Troia, bu dönemde yalnızca Athena Ilias Tapınağı sayesinde tanınmaktaydı.
Pers kralı Kserkses'in de Yunanistan seferi sırasında adakta bulunduğu bu tapınağa ait kalıntılar, Troia IX katına ait Athena Ilias Tapınağı'nın inşası sırasında tahrip edilmiştir.
Özellikle kendisinin Troia Savaşı kahramanları Agamemnon ile Akhilleus'un soyundan geldiğine inanan B. İskenderde Troia'ya özel bir ilgi göstermiş, Granikos Savaşı öncesinde tapınağa kurbanlar ve armağanlar sunmuştur.
İskender'in verdiği imar faaliyetleri sözü ise ancak Lysimakhos döneminde gerçekleştirilmiştir.
Bu dönemde Athena Tapınağı Dor düzeninde yeniden inşa edilmiştir.
Antigonos Dönemi'nde (MÖ 301) kent, çevresindeki dokuz kentin oluşturduğu dinsel birliğin merkezi durumundadır.
Özellikle kendisinin Troia Savaşı kahramanları Agamemnon ile Akhilleus'un soyundan geldiğine inanan B. İskender de Troia'ya özel bir ilgi göstermiş, Granikos Savaşı öncesinde tapınağa kurbanlar ve armağanlar sunmuştur.
İskender'in verdiği imar faaliyetleri sözü ise ancak Lysimakhos döneminde gerçekleştirilmiştir.
Bu dönemde Athena Tapınağı Dor düzeninde yeniden inşa edilmiştir.
Antigonos Dönemi'nde (MÖ 301) kent, çevresindeki dokuz kentin oluşturduğu dinsel birliğin merkezi durumundadır.
Roma İmparatorluk Dönemi’nde Novum Ilium adıyla daha da önem kazanan ve ekonomiye sahip olan kent, Romalı yöneticilerin özel ilgisini çekmiştir. Bunun nedeni hiç şüphesiz, kendilerinin Troialı prens Aeneas’ın soyundan geldiklerine inanmalarıdır. Bu dönemde yeniden inşa edilen Athena Tapınağı’nın yanına Bouleuterion (Tiyatro B), Odeon (Tiyatro C) ve bunların güneyindeki agora eklenmiştir. Kent 5. yy’dan itibaren Hellespontos Bölgesi piskoposluk merkezleri arasında yer almıştır.
