Balkan Neolitik kronojisinde genel olarak üçlü periyodik sistem kullanılır; İlk, Orta ve Son Neolitik Dönem. Fakat bu ayrımların sınırları ile ilgili sıkıntılar vardır. Neolitik dönemin ayrımları hakkında araştırmacılar hakkında görüş birliği yoktur. Bölgede günümüz ülkeleri kendi sınırları içinde farklı kronolojiler kullanmaktadır.
Yunanistan’da tarih öncesi dönemler için Balkanların aksine dörtlü periyodik kronoloji kullanılınır; İlk Neolitik (MÖ 6200 - 5800/5600), Orta Neolitik (MÖ 5800/5600 - 5400/5300), Son Neolitik (MÖ 5400/5300 - 4700/4500), Final Neolitik (MÖ 4700/4500 – 3500)
L. Nikolova tarafından Bulgaristan Neolitiği için önerilen kronoloji, bütün Balkan Neolitiği için en uygun olanıdır.
L. Nikolova göre, Neolitik Dönem sadece iki alt evreye ayrılır: İlk Neolitik (MÖ 6200 – 5500) ve Son Neolitik (MÖ 5500 - 5000/4900).
Nikolova’nın kronolojisi diğer Balkan bölgelerine de kolayca uygulanabilir. Söz konusu bölgede Neolitik dönemin bu iki alt evresi arasında görülen temel değişiklik çanak çömlek bezeme tekniği ile ilgilidir. Yaklaşık MÖ 5500’de boya bezemeli çanak çömleğin ortadan kalkarak yerini boya bezemesiz çanak çömleğin alması İlk ve Son Neolitik dönemler arasındaki ayrımı belirler.
Çanak Çömleksiz Neolitik: Pleistosen sonundan itibaren M.Ö. 8. binyılın başlangıcına kadar
Çanak Çömlekli Neolitik:
ilk Neolitik: M.Ö. 8. binyıl - M.Ö. 6700/6600
Son Neolitik: M.Ö. 6700/6600 - M.Ö. 6000/5500
MÖ 7000lerde doğu Avrupa, yüksek dağlar ve büyük nehirler ve onların çevresindeki geniş ovalarla coğrafyası şekillenmiş, çoğunlukla sık ormanlık alanlardan oluşmaktaydı.
Bölgede yaşayan insan toplulukları da farklı alanlarda – özellikle de nehir boylarında yoğunlaşmış gruplar halinde yaşıyordu.
MÖ 7000li yıllardan itibaren Avrupa’ya ait olmayan yeni bazı elemanlar ortaya çıkmaya başlar ve bölgenin kaderi tamamen değişir.
Bu yeni özellikler arasında arpa ve buğday, koyun ve geçi ile yeni yaşam tarzları en önemliler olarak ön plana çıkar. Bu yeni tarım toplulukları tahılların evcilleştirilmesi ve hayvanların evcilleştirilmesi konusundaki becerileriyle öncekilerden ayrılır.
Yeni gelen uygulamalar arasında sosyal değerler açısından da farklılıklar gözlenir. Bunlar arasında uzun süreli yerleşimler, depolama amaçlı olarak yiyeceklerin saklanması, ailevi bağların toplumda önemli bir role sahip olması ve atalarla ilgili hatıralar sayılabilir.
Güney Doğu Avrupa Neolitiğinin ilk 1000 yılında insanlar küçük topluluklar halinde yaşamışlardır.
Bulgaristan’daki Karanovo Höyüğü veya Yunanistan’da, Tesalya’daki Sesklo gibi yerleşimler uzun süreli kullanım görmüş olsalar da birçok diğer yerleşim yeri kısa süreli iskanlara sahip olmuştur.
Balkan coğrafyasında Neolitik Dönemle birlikte daha önceki Mezolitiğe nazaran çok daha fazla sayıda bir popülasyonun olduğunu görüyoruz.
Nehirler, vadiler ve eski göl yatakları en sevilen iskan alanlarını oluşturmaktadır. Yerleşimlerin savunma sistemine sahip olmaması ve yerleşmedeki yapıların birbiri ile aynı plana sahip olması, hiyerarşik yapının güçlü olmadığı barışçıl bir yaşama işaret eder.
İyi fırınlanmış ve boya bezemeli seramik örnekleri yaygın olarak karşımıza çıkmaktadır.
Taş alet yapımında kullanılan hammaddelerin çok daha hızlı bir şekilde yayıldığı görülür.
Hayvan ve insan formunda figürinler yerleşimde ve evlerde önemli bir role sahiptir ve toplumun tüm üyelerinin bu malzemelere erişimi bulunmaktadır.
Maddi kültür ögelerinde gözlenen çeşitlilik, süs eşyaları olarak deniz kabuğu veya taştan yapılan boncuklardan bileziklere, pişmiş toprak mühürlere ve diğer taş aletlere kadar çok örnekle karşımıza çıkmaktadır.
Bu dönemde yabani hayvanların avlanmasına devam edilmiş ancak birçok yerleşimde koyun, keçi, sığır ve domuz kemiklerinin bu yabani hayvanlardan sayıca çok daha fazla olduğu görülmektedir.
Koyun ve keçi sayıca en yoğun olanlardır. Bunlar genellikle genç yaşta öldürülmüş olup büyük olasılıkla besin amaçlı olarak etleri için kesildikleri düşünülmektedir.
Tarımsal faaliyetler kapsamında tahıl ve baklagillerin yetiştirildiği görülür.
Gelişmiş Neolitik kültürün Anadolu üzerinden Trakya'ya ve oradan da Balkanlar'a uzandığı genel olarak kabul edilmektedir. Son yıllarda gerçekleştirilen DNA çalışmaları da bu konuda önemli ipuçları vermiş ve bu görüşü destekleyen sonuçlara ulaşılmıştır.
Güneydoğu Avrupa, MÖ 7000/6500 - 5500
Balkanlardaki Neolitik Çağ yerleşimlerinin dağılımına bakıldığında bunların tüm balkanlara yayılmaktan çok belli alanlarda gruplaştığı görülmektedir.
Bulgaristan'ın orta ve güney kısımlarında Meriç vadisinin bulunduğu alanlarda, Tuna boyunca yoğun bir yerleşim göze çarpar.
Meriç Nehri'nin yukarısında örneğin Pazarcık'ın olduğu bölgede yine bir gruplaşma görülür.
Meriç Nehrinin batı ve kuzeyinde, Topolnitsa Vadisinde Çavdar Höyük diğer önemli bir Neolitik yerleşimi oluşturur.
Starcevo yerleşimi tuna Nehri'nin sol kıyısında bulunur. Starcevo-Koros yerleşimleri genellikle çukur evlerden oluşan mimari özelliklere sahip olduklarından dolayı bu mimari kalıntılar çok iyi korunmuş şekilde ortaya konamamaktadır.
Macaristan Ovası'nın güneyindeki Tisza-Körös/Criş nehir kültürel yapısında bazı alanlarda gerçekten yoğun bir yerleşim dokusu görülür.
Arnavutluk'taki Burime Podgori yerleşimleri dağlık alanlarda yer almaktadır ki bu tip yerleşim alanları Balkanların yerleşim yeri seçimine pek uymaz.
Starcevo, geniş bir taşkın ovasında yer alır ve hem ağaçlık hem de bataklık alanların yakınında bulunur. Karanovo, yine bir dereye yakın bir konumda yer alır. Örneğin Struma Vadisindeki Galabnik, sürekli olarak taşkınların yaşandığı bir ovada yer almaktaydı.
Neolitik yerleşimlerinin büyük bölümü alçak alanlarda ve çoğunluğu da su kaynaklarına yakın yerlerde kurulmuştur. Bunlar nehir kıyıları, derelerin kenarları veya bazen bataklık alanlar bile olabilmektedir.